Daarna werd koers gezet langs de westzijde van de Floreszee om na te gaan in hoeverre het hierboven vermelde vermoeden bevestigd werd dat hier een diepe toegang voor het koude water in die zee aanwezig was.
Van Roesa Linguette, een eilandje benoorden Timor, werd langs de droogte Angelika, de eilandjes Kalaoe-Toea, Madoe, Boneratoe en Kalao gestoomd. Inderdaad toonde het onderzoek aan het bestaan van een diepen toegang tot de Flores-zee tusschen Roesa Linguette en Kalaoe-toea, alwaar diepten van over de 2500 M. gevonden werden.
Op verzoek van den hoofdingenieur van het mijnwezen werden eenige loodingen verricht aan de oostkust van Saleyer en, op 11 zeemijlen uit den wal, met het lood een diepte van 3110M. gehaald. Bezuiden Saleyer werden daarna onderzoekingen ingesteld betreffende de samenstelling der reven en banken.
Den io<ien Mei kwam de expeditie te Makassar aan. De Siboga vertrok naar Soerabaia om te dokken en gereed gemaakt te worden voor het tweede deel van den onderzoekingstocht, terwijl de wetenschappelijke staf te Makassar achterbleef om het verzamelde geschikt te maken voor verzending naar Nederland. Tevens werd het verblijf te Makassar gebruikt om de verzameling zeedieren te vergrooten. In de eerste plaats bood de vischmarkt hiertoe een schoone gelegenheid aan, terwijl verder dregtochten werden uitgevoerd op de bank van den Spermonde-archipel met de gewapende kruisboot n°. 47 , bereidwillig door den havenmeester hiertoe afgestaan.
Op 8 Juli verliet de Siboga Makassar ter aanvaarding van het tweede deel van den tocht. Te Soerabaia waren aan boord de noodig gebleken veranderingen uitgevoerd en was de instrumenten voorraad aangevuld. Echter was het den Commandant niet mogen gelukken om een nieuwe stoomlier te koopen, waaraan groote behoefte bestond, omdat telkens gebleken was dat bij dregging op groote diepte de reminrichting van den kabel niet voldoet, waardoor dikwijls het net en de vangst verloren gingen.
Het doel was nu voorloopig de bank, waarop de Spermonde-archipel ligt, en de grootere Borneo-bank, waarop de kleine Paternoster-eilanden liggen, te onderzoeken. In Straat Makassar werd 2029 M. gelood. Deze straat vormt een diep bekken tusschen de twee genoemde banken en daarin komt de afvoer der rivieren van Oost-Borneo en Celebes terecht. Uit dezen bodem, die weinig geschikt is voor de ontwikkeling van een diepzeefauna, werd weinig anders opgehaald dan modder: eenmaal zelfs 1000 K. Gr.
Het bezochte gedeelte der Borneo-bank, gelegen ten noorden van 3° 30' Z. Br., rijst aan de zijde van Straat Makassar steil omhoog terwijl