Hoezeer hij zich, bij ijverige en nauwgezette plichtsvervulling, het verblijf op dat eiland in het belang zijner studiën wist ten nutte te maken, bewijst zijne in 1872 aan het Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen aangeboden, eerst in 1875 'let 33e deel van 's Genootschaps „Verhandelingen" opgenomen „Bijdrage tot de kennis der Alfoeren van het eiland Boeroe." In de inleiding vermeldt hij wat hem van de literatuur over Boeroe en zijne Alfoersche bevolking bekend was, terwijl hij in de Aanteekeningen, „ten einde het belang van eene verdere studie van de ethnographie van Boeroe meer in het licht te stellen", wees op analoge instellingen, zeden en gewoonten van andere stammen van den Indischen Archipel.

In September 1870 werd Wilken, tot dusver nog slechts ambtenaar ter beschikking, benoemd tot controleur der 3e klasse en, na éen kort verblijf te Limbotto in Gorontalo, belast met de controle der afdeeling Ratahan in de residentie Menado. In Juni 1873 werd hij bevorderd tot controleur der 20 klasse. .

Hoezeer hij zich dit vernieuwd verblijf in het land zijner geboorte ten nutte maakte om met land en volk nauwkeurig bekend te worden, bewijst zijne nog menigwerf als voortreffelijk geroemde verhandeling over „het landbezit in de Minahasa"'), met den ondertitel: „Bijdrage tot de kennis van het landbezit in den Indischen Archipel", opgenomen in de „Mededeelingen vanwege het Ned. Zendelinggenootschap", 17e jaargang, 1873. Dit, in November 1872 geschreven stuk, was, voor zooveel ons bekend is, de eersteling van den toen eerst vijfentwintigjarigen man.

In deze beide stukken, en ook in een paar kleinere stukjes van zijne hand in 1875 in het Tijdschrift van het Bataviaasch Genootschap publiek gemaakt, betoont Wilken zich destijds reeds een ijverig beoefenaar der vergelijkende ethnologie en bewijst tevens reeds eene groote belezenheid te bezitten.

In Juni 1875 werd Wilken overgeplaatst naar het Gouvernement van Sumatra's Westkust, alwaar hij in Mei 1876 benoemd werd tot controleur der ie klasse. In dat gewest, door de eigenaardige volksinstellingen zoo belangrijk en leerzaam voor iemand van Wilken's geestesrichting, bleef hij dienen totdat in 1880 ziekte hem noodzaakte verlof naar Europa te vragen, een verlof dat, meermalen verlengd, in 1885 tot zijn eervol ontslag uit 's lands dienst in Indie leidde.

1) Tegen het gewone gebruik in, schrijft W., die daarvoor wel goede redenen zal hebben gehad, dezen naam steeds met ééne s.