Het gevolg is bekend. De aanslibbing in de baai nam bovendien ook daarna meer en meer toe, de uitmonding van de rivieren in zee verzandde sterker en sterker. Stilstaande poelen en moerassen ontstonden legio.
Zwaar wreekte zich na de beschreven catastrophe de van meet aan ondoelmatige aanleg der stad. Bij den opbouw had men haar den vorm van een langwerpig vierkant, ten oosten van de Jacatrarivier, gegeven, ingesloten door muren en bastions, aan de noord door een kasteel begrensd. De toenemende bevolking had een uitbreiding naar het westen noodzakelijk gemaakt, en weldra verdeelde de „Groote Rivier" (Tjiliwong) Batavia'in twee bijna gelijke helften, een oostelijke en een westelijke. Maar voor onze Hollanders was die rivier niet goed genoeg. Zij wilden een Hollandsche stad, met kanalen en grachten versierd, waarvan de wallen met fraaie kanarie- en tamarinde-boomen werden beplant. En, om de westwaarts aangelegde tuinen in de verfraaiing te doen deelen, werden ook deze met talrijke kanalen en slooten doorsneden, oostwaarts met de stadsgrachten, naar liet westen met de Angke-rivier communiceerende. De gevolgen van dit graclitenstelse! worden door Bleeker in zijn Geneeskundige Topografie van Batavia ongeveer als volgt beschreven: De Tjiliwong, bij haar intrede in de stad haar wateren nog met kracht voortstuwende, moest wel een gedeelte daarvan aan de grachten afstaan. Aanmerkelijk in haar kracht gebroken, was zij niet meer bij machte, de meegevoerde bestanddeelen tot in zee voort te stuwen, maar zette deze in de grachten af of deed ze aan haar uitmonding neerslaan. De schoone, vroeger snelvlietende stroom werd tot een nietig water, niet meer in staat, de stad te zuiveren maar haar integendeel groot nadeel toebrengende. Het meeste water moest Batavia dan ook uit de reeds meer genoemde Mookervaart ontvangen.
Men kan zich voorstellen, welke gevolgen, bij zulk een in aanleg reeds insufficiënt toevoer- en afwateringsstelsel,