In 1750 had koning Jozef Emanuel van zijn vader met de Portugeesche koningskroon den titel „Allergetrouwste Zoon der Kerk” geërfd; waardig werd hij hem niet. Weldra stond de koning geheel onder den invloed van zijn eersten minister, den markies van Pombal, die in naam van den koning eene vervolging begon tegen de Kerk. Pombal nu ontmoette de Jezuïeten, gereed om èn in Portugal èn in al de Europeesche koloniën den strijd voor de rechten der H. Kerk te beginnen. Zij wezen, in Paragay en elders, op de plichten, die het van den Paus ontvangen Patronaatsrecht over de missiën den koning oplegde. Met taaie, energieke volharding streed men tegen elkander, totdat de sluwe tegenstander zijn toevlucht nam tot laster en leugen en in 1759 de opheffing der Jezuïeten-Orde in Portugal en de Portugeesche koloniën doordreef. Duizend missionarissen werden tengevolge hiervan met geweld gedwongen hun missieposten, hun kerken, hun bekeerlingen en geloovigen te verlaten.

En wat van Portugal, zijn koning en eersten minister gezegd is, dat kan zonder eenige verandering ook van Spanje’s koning Karei 111 en zijn eersten minister Aranda verhaald worden. Het einde was, dat in den nacht van 2 op 3 April in Spanje alle Jezuïeten in de gevangenis gebracht, daarna op schepen gezet en aan de kust van den Kerkelijken Staat ontscheept werden, even arm als de armste bedelaar, die alleen het kleed, wat hem dekt, zijn eigendom noemen mag. Het lot der missionarissen was niet minder treurig; 2617 missionarissen werden, van alles beroofd, in de gevangenissen ondergebracht, al de voordeelen van het koninklijke Patronaatsrecht hadden voor hen opgehouden te bestaan.