Zeer belangrijk, een waar „Monumentum Aere Perennius”, vormde Van Giffen’s werk over de Hunebedden in Nederland (1925-1927). Even vanzelfsprekend als zijn studie over de terpen hem buiten Drenthe bracht, even natuurlijk was het, dat deze arbeid hem nauwelijks Drenthe’s grenzen deed overschrijden. Alle megalithische monumenten werden beschreven, minutieus geteekend, gefotografeerd en daarmede werd voor altijd vastgelegd, hoe de toestand was ten tijde, dat voor het eerst in de geschiedenis van Nederland (1923) de regeering het noodig oordeelde, wetenschappelijk ambtelijk toezicht in te stellen op de aan het Rijk in eigendom toebehoorende Hunebedden. Het spreekt vanzelf, dat voor deze taak werd aangezocht de man, die op de noodzakelijkheid van nauwkeurige beschrijving en goed toezicht had gewezen: de directeur van het toen pas opgerichte Biologisch-Archaelogisch Instituut der Rijksuniversiteit te Groningen, tevens conservator van het Asser Museum: Dr Van Giffen.

Deze zorg heeft steeds Van Giffen’s belangstelling in hooge mate gehad en ieder, die hem te eeniger tijd heeft mogen helpen om uitbreiding te verkrijgen van terrein rondom de aanvankelijk meestal veel te nauw begrensde monumenten, heeft kunnen opmerken hoezeer hij erkentelijk was, ook voor vaak slechts geringe hulp om deze reuzen de belangrijke plaats te waarborgen, die hun in het Drentsche landschapsbeeld toekomt.

Uiteraard ging zijn belangstelling voor de Hunebedden verder dan alleen de buitenkant. Het DrentschMuseum herbergt een kostelijke collectievoorwerpen, afkomstig o.a. uit het bekende Hunebed te Exloo, dat wetenschappelijk werd onderzocht, de voor onderwijsdoeleinden aangelegde verzameling van het Biologisch-Archaeologisch Instituut te Groningen bezit een soortgelijke collectie o.a. uit twee Hunebedden bij Bronneger. Onder deze voorwerpen schuilen exemplaren, die nergens ter wereld hun wedergade vinden, wat gaafheid, fijnheid van teekening en grootte betreft. En wat nog belangrijker is: Van Giffen ontdekte, dat in de in Oost-Drenthe gelegen Hunebedden aardewerk voorkomt van een ander type, dan het vaatwerk, dat in West-Drenthe en ook op de Veluwe uit die periode wordt gevonden, waaruit hij conclusies trok over een waarschijnlijke „trek” van het „volk der Hunebedden”, dat geleidelijk aan afzakte naar de Veluwe, waar het er evenwel niet in schijnt te zijn geslaagd vasten voet te krijgen, althans niet tot een domineerende positie kwam.

Nog niet door mij genoemd, doch evenzeer van het uiterste belang, waren de langjarige onderzoekingen van onzen jubilaris in het Noordsche Veld bij Zeyen. Een object, dat menig onderzoeker wellicht tot wanhoop zou hebben gestemd, omdat het arm aan voorwerpen bleek te zijn, was dit veld met specimina van praehistorische verschijnselen vanaf de Hunebeddentijd tot na het begin der Christelijke jaartelling, een kolfje naar de hand van Van Giffen.